图书文献研究室前身为1958年成立的《福建中医药》杂志编辑室，拥有一个以收藏中医、中药和中西医结合研究之书刊为主的专业性小型图书馆，包括学习阅览室、中文图书库、中文期刊密集库和综合档案库，面积约500平方米。目前藏书近3万册，采用图书馆集成管理系统自动化管理。

研究室主要开展中医古籍整理、中医文献（理论）整理、福建历代医家学术经验特点等方面的研究。先后编辑出版了《福建中医医案医话》《福建中医临床经验汇编》《福建民间草药》《串雅外编选注》《集验背疽方》《中医急证文献》《福建省中医专家名录》等书籍，在传播中医文化、学术交流、服务科研方面发挥了积极的作用，也为福建省中医医史文献研究做出了贡献。